VATAn toiminta koostuu projekteista, jotka edistävät yhdistyksen asettamia tavoitteita. VATA hallinnoi ja tukee seuraavia projekteja:

eroakirkosta.fi eroakirkosta.fi-palvelun päämääränä on edesauttaa Suomen evankelis-luterilaisen ja ortodoksisen kirkon etu- ja erityisoikeuksien purkamista. Palvelu tarjoaa helpon tavan erota näistä valtionkirkoista. Palvelu on toiminut VATAn alaisuudessa kesäkuusta 2010 lähtien.

et-opetus.fi et-opetus.fi-projektin tehtävänä on parantaa elämänkatsomustiedon opetuksen asemaa sekä peruskoulussa että lukiossa. Sivusto on toiminut VATAn alaisuudessa kesäkuusta 2010 lähtien.